Управление по продуктам и лекарствам (FDA) США в сотрудничестве с Калифорнийским университетом в Дэвисе и компанией Agilent Technologies запустили проект «100 тысяч геномов» (100K Genomes), сообщает GenomeWeb Daily News.

В числе исполнителей проекта также Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) и Министерство сельского хозяйства (USDA).

Реализация проекта предполагает чтение геномов целевых микроорганизмов с использованием новейшей «Технологии секвенирования следующего поколения» (Next-Generation Sequencing), которая отличается высокой пропускной способностью и точностью. Большая часть собранных бактериальных геномов будет представлена в виде черновых вариантов, которые будут сопоставляться с избранными полногеномными референсными последовательностями. Целью такого анализа является выделение генетических маркеров, связанных с определенными важными патогенными признаками.

Проект рассчитан на пять лет, полученные данные будут переданы в открытую базу данных Национального центра биотехнологической информации при Национальных институтах здоровья в Бетесде. Как сообщают представители Калифорнийского университета, речь идет, в частности, о геномах таких патогенов как Salmonella, Listeria и Escherichia coli.

Наряду с получением 100 тысяч геномов бактерий и вирусов предполагается разработка «дорожной карты», которая позволит разрабатывать тесты для идентификации патогенов и устанавливать их происхождение быстрее, чем это делается сейчас. Используя такую базу данных ученые смогут создать новые методы контроля распространения болезнетворных бактерий в пищевой цепи.

Руководство проектом возложено на Барта Веймера (Bart Weimer), профессора факультета ветеринарии Калифорнийского университета в Дэвисе.

По словам Веймера, «становится все яснее и яснее тот факт, что живучесть микробных патогенов и их способность проникать в пищевую цепь обусловлены генетической пластичностью, которая позволяет им проспосабливаться к любому окружению». «Отсутствие информации о геномах бактерий, имеющих отношение к продуктам питания, лишает ученых возможности обеспечить людей безопасным питанием», — добавляет он.

Барт Веймер считает, что данные проекта «100 тысяч геномов» сделают диагностические тесты быстрыми, точными и экономичными».

Предусмотренное проектом секвенирование будет проводиться в Калифорнийском университете, который в прошлом году заключил соглашение о совместном выполнении крупных работ по расшифровке ДНК и функциональной геномике с Пекинским институтом геномики (BGI).

FDA предоставит более 500 полногеномных «черновых» последовательностей ДНК сальмонеллы, а также тысячи штаммов пищевых патогенов и биоинформатическую поддержку. CDC будет проводить экспертизу патогенов, передающихся с пищей и водой, чьи геномы предстоит расшифровать.