Для того чтобы правильно диагностировать венерическую гранулему, врач-венеролог должен исключить подозрения на другие венерические заболевания со схожими симптомами: сифилис и мягкий шанкр, то есть провести дифференциальную диагностику. Для исключения сифилиса, проводятся серологические пробы и обследование половых партнеров больного за последние 3—6 месяцев. Для того чтобы исключить подозрения на мягкий шанкр, венеролог исследует под микроскопом отделяемое язвы для выявления возбудителя мягкого шанкра — бациллы Дюкрея-Унны-Петерсона.

Если анализы и на сифилис, и на мягкий шанкр оказались отрицательными, то врач может поставить предварительный диагноз венерической гранулемы (донованоза).

Как правило, для постановки окончательного диагноза достаточно провести осмотр больного и микроскопическое исследование отделяемого язвы, в котором находятся возбудители венерической гранулемы.

Если же картина не ясна, может быть применен метод посева, при котором отделяемое язвы помещается в питательную среду, благоприятную для размножения этого вида бактерий. Через несколько дней тельца Донована становятся хорошо видны под микроскопом. Обследование больных с подозрением на венерическую гранулему проводится, как правило, в условиях стационара.