Диагностировать ЦМВ достаточно трудно. Дифференциальная диагностика затруднена по причине отсутствия или, наоборот, многообразия клинических проявлений.

При лабораторной диагностике доступны следующие методы исследования:

цитоскопия биологических жидкостей организма (слюны и мочи);
выявление наличия ЦМВ на материалах, полученных при биопсии;
метод полимеразной цепной реакции.

Для диагностики цитомегаловирусной инфекции также используются серологические методы, направленные на исследование взаимодействия антител сыворотки крови с антигенами.

Вирусологические методы диагностики ЦМВ из-за повышенной сложности не получили достаточного распространения в клинической практике.